Dans un souci de qualité, le Fongecif Rhône-Alpes coopère avec des centres de bilan agréés. 

Ils ont pour mission de mettre en œuvre le bilan de compétences tel que défini  par le Code du travail (art. L 900-2 et suivants), par le Décret n° 92-1075 du 2 octobre 1992 et ses circulaires d'application, notamment la circulaire DFP n° 93.13 du 19 mars 1993, et par l'Accord National interprofessionnel du 5 décembre 2003.