Dans un souci de qualité, le Fongecif Rhône-Alpes coopère avec des centres de bilan agréés. 

Ils ont pour mission de mettre en œuvre le bilan de compétences tel que défini  par le Code du travail (art. 6313-10 et suivants du code du travail), la circulaire DFP n° 93.13 du 19 mars 1993, et par l'Accord National Interprofessionnel du 5 décembre 2003.